東京メトロ南北線は2000年9月に最後の工事区間だった溜池山王から目黒までの間が開業し、同時に東急目黒線との相互乗り入れを開始している。開業区間のうちの目黒〜白金高輪間は都営三田線も同時に三田から目黒まで開業し、東急目黒線へ乗り入れを開始し、同区間は2つの地下鉄が通る特別の区間になっているのが特徴的である。これによって運賃計算においても利用区間によってメトロ運賃か都営運賃を適用するかに分けられている。
　なお目黒〜白金高輪間を乗車する場合はメトロ、都営問わず運賃は170円（メトロ初乗り運賃。IC 運賃：168円）となる。

　以下の表にてメトロ運賃の適用、および都営運賃の適用を解説する。

• 目黒駅から乗車して南北線四ツ谷駅まで乗車する場合。

• 目黒駅から乗車して三田線大手町駅まで乗車する場合。

• 目黒駅から乗車して南北線を経由し、麻布十番駅で大江戸線に乗り換えて都庁前駅まで乗車する場合。････目黒〜白金高輪間はメトロ運賃を適用。
• 目黒駅から乗車して三田線を経由し、大手町駅で丸ノ内線に乗り換えて東京駅まで乗車する場合。････目黒〜白金高輪間は都営運賃を適用。