地下鉄千代田線と相互乗り入れを行っているJR常磐緩行線は、北千住・綾瀬間において運賃計算面では、不便を用いられているのが特徴的である。これは1971年4月20日に千代田線の当該区間が開業した際、常磐線における複々線化が完成したことで快速線と緩行線とが分離されたものの、当時に営団が綾瀬にある車両基地の確保と国鉄の建設費抑制の話し合いが一致した為にこの区間を国鉄から営団地下鉄へ移管され、本来の快速線が綾瀬駅を通過してしまったことからが運賃計算や運行上などの問題の発端となっている。

　ここでは以下の表においてJR運賃の適用もしくは地下鉄運賃の適用をまとめる。

　つまり、北千住まで地下鉄かJRに乗車したかによって当該区間は地下鉄運賃を適用するか、もしくはJR運賃を適用するかが分かれてくることになる。

　次の項で具体的な例を解説する。

（地下鉄運賃適用例）

(1)上野駅から地下鉄日比谷線に乗車し、北千住駅で千代田線へ乗り継いで綾瀬駅へ向かう場合。

• 地下鉄上野･･････････北千住･･････････綾瀬

(2)東武線西新井駅から乗車し、北千住駅で千代田線へ乗り継いで綾瀬駅へ向かう場合。

• 西新井･･････････北千住･･････････綾瀬

（JR運賃適用例）

(3)上野駅からJR常磐線に乗車し、北千住駅で千代田線へ乗り継いで綾瀬駅へ向かう場合。

• JR上野･･････････北千住･･････････綾瀬

(4)千代田線西日暮里駅から直通で常磐線松戸駅へ向かう場合。

• 地下鉄西日暮里･･････････（直通）･･････････JR松戸

(5)上野駅からJR常磐線に乗車し、北千住・綾瀬で千代田線に乗り換えて北綾瀬駅へ向かう場合。

• JR上野･･････････北千住･･････････綾瀬･･････････北綾瀬